Ну что еще могу сказать.
Снятие ссылок и проседание позиций - не миф (несмотря на то, что выше пытались уверить в обратном). Но стоит понимать и учитывать следующее.
1. Общая доля влияния ссылок относительно других факторов где-то не более трети (30%).
2. Ссылка не передает сразу всего веса.
3. Снятая ссылка не сразу становится для ПС "снятой". А по мере переиндексации.
Исходя из этого после снятия ссылок обычно ухудшение позиций может быть (а может и не быть) не сразу и не сильно.
Как упоминали выше, наименее заметны колебания у старых, прокачанных сайтов без проблем с внутренней оптимизацией. Есть опыт работы с трастовым магазином, так там 70% позиций по всяким ключевикам обеспечены не ссылками. Остальное "дожимали" ссылками, весьма успешно.
Поэтому я бы советовал лишний раз пересмотреть внутреннюю оптимизацию сайта, проверить с каких страниц "упали" запросы, есть ли это страницы вообще в индексе и т.д. Проверить поведенческие факторы (какой-то сервис позволяет это сделать, вроде сеолиб).