На самом деле лично я не заморачиваюсь сильно на схемах перелинковки. Видимо потому, что нет для меня в этом необходимости.
Что хорошо показывает программа (или онлайн версия) это то, на какие страницы приходиться больший вес.
Для чего это надо? Мини-кейс. Есть сайт, были трудности в продвижении. Анализ весов страниц показал, что самый большой вес на сайте у языковых версий сайта (их было несколько, второстепенные разделы сайта), так получалось потому что с каждой страницы были ссылки на языковые версии, и иногда и несколько ссылок. Напротив, страницы категорий получали немного веса.
Что было сделано? Были убраны/закрыты практически везде ссылки на языковые версии. Пересчитали веса страниц - получилось более-менее.
Результат: в топ вылезли страницы категорий, что собственно и требовалось.
Вывод: веса страниц - вещь полезная.