Вероятно, в шаблоне main.tpl добавлять ссылки перед {content}, а не после.

Да. Спасибо. Осталось разобраться с CSS. Посоветуйте книжку или сайт где можно почитать основы.

Разобрался как подключить CSS

Теперь вопрос. Я думаю, что чтобы не перегружать основную страницу.

Можно сделать так?

[category=25]
<link href="{THEME}/style/catalog.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<div id="catalog">
<h2>Организации Дзержинска</h2>
<div class="catalog_menu">
<ul><a href="/organizacii-dzerzhinska/kinoteatry-dzerjinska/">Кинотеатры</a></ul>
</div>
</div>
[/category]

Вероятно, в шаблоне main.tpl добавлять ссылки перед {content}, а не после.

Я всё сделал, как написал выше. Захожу в firebug чтобы посмотреть настройки CSS, а там вообще не нет моих стилей. Что-то не так написал.

И основной вопрос. Как блок с ссылками заставить идти перед блоком со списком новостей.

Как это реализовать черезз css?

Что именно?
Тебе не понятно как блоки заставить идти друг за другом? Добавь float:left;

Делаю так.

в main.tpl прописываю

<!--Вывод подкатегорий для справочника организаций-->
[category=25]
<div class="catalog menu">
<h2>Организации Дзержинска</h2>
<ul><a href="/organizacii-dzerzhinska/kinoteatry-dzerjinska/">Кинотеатры</a></ul>
</div>
[/category] 

Далее создаю файл catalog.css
В нём прописываю

/*--- Меню (оглавление) справочника организаций ---*/
.catalog menu {
    background: none repeat scroll 0 0 #FFFFFF;
    border: 2px solid #099ED6;
    border-radius: 12px 12px 12px 12px;
    height: 244px;
    margin: 0 auto;
    padding: 10px;
    width: 715px;
}

Теперь объясню что я хочу добиться. Чтобы верхний блок с меню (списком подкатегорий) выводился в самом верху. До новостей. И чтобы ссылки в этом блоке выводились в три-четыре столбца.

Как это реализовать черезз css?

[aviable=cat]
[category=1]
text
[/category]
[/aviable]

Где 1 это id просматриваемой категории, где text добавляй свой пункты меню. Примерно будет так

<ul>
<li><a href="/pc/">Компьютеры</a></li>
[aviable=cat]
[category=1]
<li><a href="/monitori/">Мониторы</a></li>
<li><a href="/mouse/">Мышки</a></li>
[/category]
[/aviable]
</ul>

Мысли такие. Делаем категорию "Справочник организаций в ней подкатегории "больницы", "школы", "аптеки" и т.п. И уже в каждой подкатегории делать сами организацию.

Но мне нужно сделать, чтобы при заходе в категорию "справочник организаций" выводился список подкатегорий, а не сами новости.

Подскажите как это сделать?