2. Тоже использую всегда только одну ссылку на конкретную страницу. И это считаю правильным.
3. На странице полной новости меню убрал в JS.
4. "Еще статьи по теме" использую для кольцевой перелинковки статей. Всего 5 ссылок на страницу.
1. Итого на странице 5 ссылок в самом конце страницы нужны для лучшей индексации сайта и 2 ссылки на главную (в шапке-логотип и в подвале. Так что до 100 ссылок мне далеко

Ссылки из текста думаю больше будут влиять на продвижение сайта по позициям, поэтому и хочется их поставить побольше но не в ущерб читателям.

Параллельно родился вопрос, а правильно ли иметь 2 ссылки на главную (шапка-логотип и ссылка из копирайтов в подвале)? По выше озвученному факту, что поисковик учитывает лишь одну ссылку на страницу со страницы.

Посмотри на Википедию - там вообще сплошные ссылки.

Ну я бы не был настолько категоричен. Да и не всегда ссылки в Википедии уместны (бывает всякое).

Что касается внутренней перелинковки:

1. По поему тот же SeoMoz ругается, когда на сайте более 100 ссылок с одной страницы.  Раньше (а может и сейчас) это могло быть связано с тем, что робот поисковика обрабатывал только первые 100 ссылок со страницы остальные игнорировал.  В учет идут все ссылки, в том числе и из меню.

2. Стоит понимать, что бытует мнение (и я его придерживаюсь), что ПС учитывают лишь одну ссылку на какую-либо страницу.  То есть если со статьи три ссылки на один и тот же материал - то учтется только одна.
Поэтому я всегда стараюсь делать одну ссылку из контента на одну и ту же страницу.

3. Стоит понимать, что статический вес страницы распределяется по всем ссылкам (кроме закрытых в рел=нофоллоу) поэтому кроме всего прочего я бы советовал закрывать сквозные блоки ссылок (например на социалки и т.д). навигацию бы не трогал не закрывал.

4. Ну и неплохим считаю решения наподобие "Почитать еще" или "Еще статьи по теме" и т.д.

Может кто то сказать, какое оно оптимальное внутренних ссылок внутри статьи?
Мне как читателю уже не комфортно читать такие статьи, а вот как поисковики на это реагируют?

Посмотри на Википедию - там вообще сплошные ссылки. А самое главное - они действительно полезны и нужны. В процессе чтения открываешь в новых вкладках то, что еще хочется прочитать.
Я не могу сказать, какое количество ссылок для перелинковки оптимальное, да и никто не скажет, но я знаю одно - если это может быть полезным для пользователей - это будет полезно и для поисковиков.
Так что не переживай, ставь все ссылки.

Один из копирайтеров по моей просьбе начал писать так, что бы можно было перелинковать статьи, и получается так что количество ссылок на одну статью уже достигает 10 шутук.
Может кто то сказать, какое оно оптимальное внутренних ссылок внутри статьи?
Мне как читателю уже не комфортно читать такие статьи, а вот как поисковики на это реагируют?

Тоже хочу услышать мнение Александра!!!